В должности Главнокомандующего ВМФ Сергей Георгиевич Горшков проявил себя как выдающийся организатор военно-морского строительства и военный теоретик, на многие десятилетия определивший пути развития отечественного военного флота. Под его руководством советский ВМФ стал ракетно-ядерным, пополнился кораблями и судами новых типов.

Накануне Великой Отечественной войны С. Г. Горшков был назначен комбригом крейсеров. Во время обороны Одессы в августе 1941 года он руководил высадкой первого на Черном море морского десанта в районе деревни Григорьевка, который способствовал успешному контрудару войск Одесского оборонительного района.

С августа 1942 года он был заместителем командира Новороссийского оборонительного района, с ноября того же года – командующим 47-й армией. Участвовал в обороне Кавказа. С февраля 1943 года стал командующим Азовской флотилией, которая весной 1944 года была переформирована в Дунайскую военную флотилию и перебазирована в Одессу. 25 сентября 1944 года контр-адмиралу Сергею Горшкову было присвоено воинское звание вице-адмирала. В январе 1945 года он был назначен командующим эскадрой Черноморского флота. В этой должности Горшков встретил победу над гитлеровской Германией.

В ноябре 1948 г. он стал начальником штаба, а в августе 1951 г. — командующим Черноморским флотом. 3 августа 1953 г. Горшкову было присвоено звание адмирала, с июля 1955 г. он выполнял обязанности первого заместителя Главнокомандующего, а с января 1956 г. — Главнокомандующего Военно-морского флота и заместителя Министра обороны СССР.

Сергей Георгиевич Горшков скончался 13 мая 1988 г. и был похоронен на Новодевичьем кладбище.